El Gobierno Supremo de la Fundación es el Patronato. Éste dispone de diferentes competencias como: adquirir, poseer, conservar, administrar, disponer, enajenar, gravar y permutar bienes de todas clases; contraer obligaciones y celebrar contratos de cualquier índole.
El Presidente del Patronato de la Fundación es D. Juan Ramón Corpas Mauleón, Consejero de Cultura y Turismo – Institución Príncipe de Viana, mientras que la secretaria del Patronato de la Fundación es Dña. Mª Inés Tabar Sarrías, Directora del Servicio de Patrimonio Histórico del Departamento de Cultura y Turismo – Institución Príncipe de Viana.
En el capítulo III, artículo 20 de los Estatutos de la Fundación se crea la figura del Gerente como responsable de la gestión de la misma, que será literalmente designado por el Patronato.
En la reunión del Patronato de la Fundación celebrada el 27 de junio de 2003, se aprobó el nombramiento de María Isabel Beriain como Gerente, cargo que desempeña en la actualidad.